百花村由享誉全国的名店“百花村饭店”发生而来。1996年6月26日，公司在上海证券交易所挂牌上市，成为新疆生产建设兵团第一家上市公司。原是集能源开发、餐饮、信息产品展示、数码影像技术等为一体的企业。2016年，公司重大资产重组交易过会，上市公司置出亏损资产煤炭业务，置入景气度高的CRO资产。
1965年2月，天山百货大楼中、西餐部和人民饭店餐部合并到百花村。
1993年，百花村改组为股份制企业。
1982年10月，新建的百花村饭店大楼正式开业。
1996年，百花村在上交所挂牌上市。
2000年6月，股权重组引进了北京北亚集团、陕西大合集团、西安泰兴等三家战略性股东。
2001年4月，连续三年亏损带上PT帽子。
2002年7月10日，百花村股票恢复上市。
2002年，公司收购广州新拓51%股权，尝试向IT行业转型。
2003年，新疆生产建设兵团收回百花村实际控制权。
2007年4月，购买新疆天然物产贸易有限公司70%股权，确立了百花村以能源为主业的新起点。
2009年4月，发行股份购买农六师国资公司有用的新疆大黄山鸿基焦化63%股权等。
2011年，出资受让农六师101团煤矿资产，享受该煤矿90%的权益。
2016年，宣布置出亏损资产煤炭业务，置入景气度高的CRO资产。
百花村目前的主营业务为药物发现、研究、技术服务，提供从药物发现、CMC、临床CRO、药品注册、CMO/API供应等新药开发全流程的服务及一体化的解决方案。
全资子公司华威医药下设5家子公司（威诺德医药、礼华生物、西默思博、西姆欧和黄龙生物），布局CMO、临床试验、进口注册、BE/PK生物样品分析检测服务、SMO以及MAH服务，可为药企提供从药物发现、临床前研究至临床试验的全流程外包服务。
其中化学制剂药物研发一直是公司核心组成部分。目前创新药物研发专注于抗肿瘤、高血压和糖尿病等领域，所开发的靶标包括国际领先的新颖靶标和已被临床充分验证的靶标。
此外，公司涉及贸易等业务，目前主要从事进出口贸易、铁合金、焦炭、煤炭、石墨、化工、平行进口汽车等商品的自营与代理业务，现主要以出口焦炭、进口铁矿、平行进口汽车业务。